上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
近未来，人类工业文明高度发达，一种名为“代理人”的仿生机器人迅速流行。它具有完美的容貌与身体，各项物理功能超群。人们通过特定的装置可以将自己的意识上载到代理人身上，并通过它进行工作、学习和社交。然而正因为容貌的随意性和可塑造性，人类越来越依赖这种科技，犯罪率也随之飙升，有人拥护，有人反对，社会现状并未因科技的进步而有任何好转。 汤姆•吉尔（布鲁斯•威利斯 Bruce Willis 饰）是FBI的探员，某晚他受命调查一起代理人谋杀案。正常情况下代理人被损坏其本体很难受到伤害，而这起案件中两名代理人的本体全部遇害身亡。汤姆意识到这里的阴谋，于是和搭档展开连番调查，而这一过程中由代理人组成的虚拟社会也开始受到动摇……
近未来，地球环境逐步恶化。神秘外星殖民者通过大洋底部的虫洞“缺口”将身形庞大、残冷迅猛、身藏剧毒的怪兽接连派往地球，有条不紊地实施着它们的殖民毁灭计划。为此，人类联手打造“贼鸥计划”，制造出与怪兽体型相当的机甲战士迎战，但随着怪兽渐次进化，机甲战士全面溃败，各国政要试图修筑偏于防守的“生命之墙”以阻挡侵略者的脚步，无奈很快遭遇挫折。在此危急关头，暗中仍推进“贼鸥计划”的斯特克·潘特考斯特将军（伊德瑞斯·艾尔巴 Idris Elba 饰）找回五年前曾遭受重大打击的“危险流浪者”驾驶员（查理·汉纳姆 Charlie Hunnam 饰），并通过严格选拔为他选择了新的搭档森麻子（菊地凛子 饰）。复活的“流浪者”即将与另外三台仅存的机甲战士迎战更强大的怪兽侵略者，同时寻找彻底扫除敌人的良机。苍茫的大海之上，人类保卫之战接连而起……©豆瓣
当一个被忽视的小男孩与大脚怪建立起联系并发现这只类似人类的猿猴处于危险之中时，他必须鼓起勇气，对抗那些比他更强大的生物，以拯救这个传说中的生物并将他释放。
