上一部结尾,尼奥(基奴李维斯 饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂(凯莉·安·摩丝 饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。此时,“母体”决定先下手为强,派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地;墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”,寻找“制钥者”,准备从内部破坏;而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题,脱离了“母体”的控制,拥有可怕的复制能力,阻碍尼奥他们的行动。
《红色派系:起源》的故事将沿用游戏的背景和人设:自Alec Mason带领火星殖民地重获自由已经过去了25年,而他的妻子被杀,女儿Lyra被绑架也过去了12年,Alec自那时起便已是一名破碎的英雄。他剩下的唯一的儿子,Jake Mason,现在已经成为了红派民兵(Red Faction Militia)的军官,当他发现12年前被绑架的妹妹至今还活着时,他的世界被颠覆了。 即使有新的敌人蜂拥至火星,但Jake依旧决定去寻找他的妹妹,但他发现Lyra现在却成了敌对势力的一员,一个冷血的战士,发誓要毁掉红派(Red Faction)。Kate Vernon将饰演The Matriarch,入侵者的族长。