影片故事围绕三年级的小学生马小跳展开。马小跳可是个不寻常的孩子,他一生下来就会跳!在他的抓周仪式上,脾气火爆的马小跳更是一“跳”冲天,令所有人大吃一惊。三年级的马小跳身边总是围绕着伶牙俐齿的“猿猴”毛超、贪吃爱睡的“企鹅”唐飞和力大无穷的“河马”张达这几个死党,当然还有无条件超级崇拜马小跳的安琪儿。
本片讲述的是蝙蝠侠(罗杰·克雷格·史密斯 配音)以及罗宾联合正义联盟成员闪电侠以及绿箭侠一起对抗被称为Animilitia的犯罪组织。该犯罪组织都是由一些动物性的成员组成,包括银背大猩猩、猎豹女、杀手鳄鱼等,他们在高谭市作恶多端,一般警察对他们束手无策。而且该组织背后的主谋却指向蝙蝠侠的宿敌,同时也是高谭市叱吒风云的黑道大亨企鹅人(Dana Snyder 配音)。除了Animilitia组织,蝙蝠侠他们这次还要面对奥斯瓦德公司的商人新发明的邪恶网络动物机器人,一群犯罪恶势力再次聚集在高谭市。