学校では空気な高校生、三森灯河はクラスメイトとともに勇者として異世界に召喚された。 女神ヴィシスによってクラスメイトたちが次々にＳ級、Ａ級と能力を見出される中、灯河は最低ランクであるＥ級と宣言され『廃棄』対象となってしまう。 生存率ゼロの遺跡に廃棄された灯河はハズレ枠と貶された【状態異常スキル】を駆使して遺跡脱出を試みる。 その日から、女神ヴィシスへの復讐の炎を宿した青年は人畜無害な人間をやめ、心の奥底に隠していた本性を明かしていく…… 「はじめようか、生存競争を」
神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
